在被称为“污染物质”覆盖的荒芜世界中，人们生活在众多拥有自我意识的自律型移动都市内，而都市之外就是被称为“污染兽”的异种生物生活的世界。少年武艺者雷冯．阿尔塞夫因故而被迫离开自己居住的都市，前往专门作为教育用途、由学生组成的学园都市“洁尔妮”留学。一心想放弃武艺的雷冯在“洁尔妮”中遇到的，却是一连串不得不用武艺解决的事件，由编入都市自卫小队第十七小队开始的内部小队对抗战，到对抗污染兽袭击的都市防卫战，还有决定都市未来的都市与都市之间的战争。这一切全由一场开学礼开始……
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