ハンドレッド──宇宙より飛来する、人類を襲う謎の異種生命体サベージに対抗できる唯一の武器。触った人間によって様々な武器の形に変化することから百武装（ハンドレッド）という、その名がついた特殊な石。武芸者（スレイヤー）と呼ばれる、特別なものだけが使用することができるという特異な性質を持っている。
武芸者（スレイヤー）を育成する施設であり、また、彼らが使用する兵器や武装を研究開発するための拠点でもある、海上学園都市艦リトルガーデンに新たに入学を果たした如月ハヤト（＝あなた）は仲間たちと協力し、人類を守るための戦いへと身を投じることとなる。
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