THE KING OF FIGHTERS '99

ネスツ編三部作の第1章。
1999年7月22日稼動。ストーリーとしては新たな主人公・K'（ケイダッシュ）を主軸としたネスツ編（以降『2001』まで続く）の幕開けとなった作品。この作品以降、『2003』『XII』を除きCPU戦には戦闘画面にステージ数が表記されるようになった。
新たなシステムとして、援護攻撃の発展形ともいえるストライカーシステムが導入され、4人チーム制となる。また、スーパーキャンセルが可能になる「カウンターモード」とスーパーアーマー状態になる「アーマーモード」といったシステムが導入された（3ゲージ使うことで発動できる。『2000』まで採用された）。また、緊急回避動作が「かわし移動」となったが、この作品のみの採用となっている。動作としては、前方へのかわし移動は前に移動しながら『'95』以前の攻撃避けを行う感じになっており、この際は「かわし移動攻撃」を出す事ができる。後方へのかわし移動はバックステップをした後、即座にステップインするというものになっており、バックステップ着地時は必殺技か超必殺技でキャンセルができる。なお、この作品ではスコアではなく「バトルアビリティ」と呼ばれるバトルポイント制となっている（『2000』まで採用）。グラフィックは技術の向上により、雰囲気は『'97』までとは一線を画している。
MVS（アーケード）版では草薙京と八神庵は隠しキャラクターである。ストーリーモードではバトルポイント280以上で京、それ以下（200以上280未満）なら庵が、隠しボスとして乱入してくる（デフォルトチームのみ）。一定条件を満たせば使用可能になる。家庭用では最初から使用可能。
家庭用はネオジオ&ネオジオCDのほか、プレイステーションとドリームキャスト、Microsoft Windowsでも発売。ドリームキャスト版はタイトルが『THE KING OF FIGHTERS '99 EVOLUTION』となっており、ネオジオポケットカラー専用ソフト『THE KING OF FIGHTERS バトルDEパラダイス』との連動によりパワーアップするエキストラストライカーが追加された。後にプレイステーション2でも、NEOGEO オンラインコレクションVol.7の『THE KING OF FIGHTERS -ネスツ編-』内の収録タイトルとして、ネオジオ版とDC版がともに移植された。また、2007年にはPS3・PSP向けのゲームアーカイブスでもPS版が配信された。
なお、本作がネオジオCDで最後に発売された作品となった。