東京を震撼させた異形事件、そしてスプロールテラーはエクスのメンバーによって解決され、まだ東京に異変の痕跡は残るものの、ハザードの記憶は人々から遠ざかろうとしていた。
そんなある日、突如上空に巨大な胎児「エンブリオ」が出現。この事態に対し、国連はエクスに救援を要請、エクス全隊員の国連派遣が決定。しかしエンブリオの出現・エクス海外派遣と同時期に、東京で再び異形の存在が報告され始める。
―日輪学園の一生徒は、ある日巨大な異形に襲われる一人の少女、そして異形の攻撃を阻止する学園の生徒会長・日々野規子を目撃する。
彼(彼女)は規子から自らがコードライザーである事を伝えられ、新たなエクス隊員として未知なる脅威との戦いに巻き込まれていく。
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そんなある日、突如上空に巨大な胎児「エンブリオ」が出現。この事態に対し、国連はエクスに救援を要請、エクス全隊員の国連派遣が決定。しかしエンブリオの出現・エクス海外派遣と同時期に、東京で再び異形の存在が報告され始める。
―日輪学園の一生徒は、ある日巨大な異形に襲われる一人の少女、そして異形の攻撃を阻止する学園の生徒会長・日々野規子を目撃する。
彼(彼女)は規子から自らがコードライザーである事を伝えられ、新たなエクス隊員として未知なる脅威との戦いに巻き込まれていく。